Seit dem 01. November 2012 besteht unter dem Dach der Universität eine institutionelle Partnerschaft Salzburg mit dem Institut für Realienkunde des Mittelalters und der frühen Neuzeit ( IMAREAL) in Krems. Das IZMF kooperiert ferner mit verwandten Institutionen und wissenschaftlichen Gesellschaften im In- und Ausland. 2016 wurde die “Mittelhochdeutsche Begriffsdatenbank” (MHDBDB) in das IZMF eingegliedert und bildet gemeinsam mit den digitalen Quellenerschließungsprojekten am IMAREAL einen Schwerpunkt der Digital Humanities an der Universität Salzburg. Durch spezifische  Forschungsschwerpunkte werden eigene Akzente in der interdisziplinären Zusammenarbeit gesetzt, deren Ergebnisse auch in das Lehrangebot einfließen.