Proteomik von Pollen-Allergenen

               

Nachdem wir uns viele Jahre mit Biochemie und Molekularbiologie der Hefesporenwand befasst hatten, konzentriert sich unsere Gruppe mittlerweile auf Massenspektrometrie und Proteomik von Allergenen.
Mit der Entwicklung moderner Tandem-Massenspektrometer wurde die Proteomforschung zu einem immer wichtigeren Instrument zur Identifizierung und Charakterisierung von Proteinen in komplexen Proben.
Grundsätzlich sind zwei komplementäre Ansätze möglich:

•  Proteine ​​werden aus Zellen oder Organellen extrahiert, mit Protease verdaut und die resultierenden Peptide werden durch Umkehrphasen-HPLC getrennt und durch ein direkt gekoppeltes Tandem-Massenspektrometer analysiert.

• Die andere Möglichkeit besteht darin, die extrahierten Proteine ​​durch ein- oder zweidimensionale Gelelektrophorese zu trennen, Proteinspots mit Protease zu verdauen und die Peptide durch MS zu analysieren.

Tandem-MS-Instrumente können gleichzeitig Peptidmassen und Peptidfragmentierungsmuster erfassen. Mit diesen Informationen können Proteine ​​in Proteindatenbanken eindeutig identifiziert werden. Sequenzinformationen, die für unbekannte Proteine ​​erhalten wurden, können zum Klonieren der entsprechenden Gene verwendet werden.
Unsere Gruppe verwendet ein Q Exactive Orbitrap-Massenspektrometer mit Nano-Elektrospray-Ionisierung, optional gekoppelt mit einer Kapillar-HPLC. Mit der oben beschriebenen Methode versuchen wir, neue Proteine ​​oder Proteinisoformen zu identifizieren, die bei allergischen Patienten Typ-I-Allergien auslösen.
Unser Hauptaugenmerk liegt auf Allergenen aus Baumpollen (Birken und ausgewählte Bäume) und Unkrautpollen (Beifuß, Wolfsmilch). Unsere Arbeit erfolgt in enger Zusammenarbeit mit der Arbeitsgruppe von Fátima Ferreira.